有机肥作为基肥，可铺在苗床上，局部改良土壤。也可在播种前翻地时，将有机肥料撒到地表，随着翻地将肥料全面施入土壤表层，然后耕入土中。这种施肥方法简单、省力，肥料使用均匀。该施肥方法适宜于：一是种植密度较大的作物；二是施用量大、养分含量低的粗有机肥料；具体施用原则如下：
第一，条施、穴施、集中施用（特别是生物有机肥和功能性有机肥）。从肥效上看，集中施用特别对发挥磷素养分的肥料最为有效。如果直接把磷素养分施入土壤，有机肥料中速效态磷成分易被土壤固定，因而其肥效降低。沟施、穴施的关健是把养分施在根系能够伸展的范围内。因此，集中施用时施肥位置是重要的，施肥位置应根据作物吸收肥料的变化情况而加以改变。最理想的施肥方法是，肥料不要接触种子或作物的根，距离根系有一定距离，作物生长一定程度后才能吸收利用。
集中施用并不是离定植穴越近越好，最好是根据有机肥料的质量情况和作物根系生长情况，采取离定植穴一定距离如至少5cm或者将有机肥条施于苗床下面10-15cm作为待效肥施用。在施用有机肥料的位置，通气性变好，根系伸展良好，还能使根系有效地吸收养分。
第二，液体有机肥，含有大量速效养分，随灌溉施用，作追肥。有些腐熟好的有机肥料也可作追肥施用。但作追肥应注意以下事项：其一，有机肥中大量缓效养分释放需一过程，所以有机肥料做追肥时，同化肥相比追肥时期应提前几天。其二，有机肥料养分含量低，当有机肥料中缺乏某些成分时，可施用适当的单一化肥加以补充。其三，制定合理的基追肥分配比例。对高温栽培作物，最好减少基肥施用量，增加追肥施用量。
第三，有机肥的养分供应另一原则是要满足有机肥提供的氮素：化肥提供的氮素=1:1需求。
第四，不同质地土壤中有机肥料养分释放转化性能和土壤保肥性能不同，应采用不同的施肥方案。砂土应增施有机肥料，提高土壤有机质含量，改善土壤的理化性状，增强保肥保水性能。但对于养分含量高的优质有机肥料，一次使用量不能太多，使用过量也容易烧苗，转化的速效养分也容易流失，养分含量高的优质有机肥料可分底肥和追肥多次使用。也可深施大量堆腐秸秆和养分含量低、养分释放慢的粗杂有机肥料。粘土地施用的有机肥料必需充分腐熟；粘土养分供应慢，有机肥料应可早施，可接近作物根部。
